Na místě dnešního kostela stávala jednoduchá kaple zasvěcená Neposkvrněnému početí Panny Marie. V roce 1522 byl založen klášter dominikánských bratří a v roce 1527 byl postaven kostel.
V dominikánském klášteře byl uchován obraz Panny Marie z Candelaria (patronky Kanárských ostrovů), když 30. ledna 1555 poprvé opustil město Candelaria. K tomuto prvnímu přenesení došlo ze strachu před francouzskými nájezdy, např. jak tomu bylo dříve podél pobřeží.
Hrob Amaro Pargo v kostele Santo Domingo, který zvýrazňuje lebku a zkřížené hnáty.
V roce 1747 byl v tomto kostele pohřben slavný korzár Amaro Pargo. Korzár byl patronem kostela a daroval několik uměleckých děl, například stříbrný trůn zesnulého Ježíše. Mramorový náhrobek korzára se nachází u vchodu do kostela a zobrazuje jeho rodinný erb a také jeho pirátský symbol, lebku a zkřížené hnáty.
Kromě toho se v kostele nachází křtitelnice, na které byl pokřtěn sv. José de Anchieta v jiném kostele ve farnosti Panny Marie z Los Remedios (nyní katedrála města). Anchieta založila město Sao Paulo a byla jedním ze zakladatelů Rio de Janeira v Brazílii.
V hlavním oltáři stojí kaple Panny Marie Růžencové , kterou na ostrov Tenerife možná přivezl dominikánský mnich Pedro de Santa María de Ulloa, i když existují náznaky, že socha byla na ostrově již v r. 1558. Obraz je zasazen na stříbrný trůn z 18. století. Stěny kostela pokrývají fresky a nástěnné malby od Mariana de Cossío (1880–1960), představující náboženská témata a vítězství v bitvě u Lepanta.